Mapplethorpe s'éteint le 9 mars 1989, il a 42 ans. Le 14 mars, une messe se tient à Floral Park, dans l'église de Our Lady Of The Snow et quatre jours plus tard une commémoration a lieu au Whitney Museum. Ses cendres sont enterrées au Saint John Catholic Cemetary de Brooklyn, aux côtés des restes de son père et de sa mère.